Trường Đại học Dược Hà Nội là một trong những trường đại học đào tạo và nghiên cứu Dược hàng đầu của Việt Nam. Chú trọng phát triển đào tạo sau đại học là chiến lược phát triển của Trường nhằm đào tạo đội ngũ chuyên gia, các nhà khoa học đóng vai trò quan trọng vào quá trình nghiên cứu phát triển khoa học công nghệ, đóng góp nguồn nhân lực dược cho ngành Y tế trong sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân. Các chương trình đào tạo sau đại học của Trường không chỉ ổn định về đào tạo chuyên ngành mà còn được đổi mới về nội dung, chương trình, phương pháp đào tạo, đặc biệt theo định hướng gắn kết đào tạo với nghiên cứu khoa học, đa dạng hóa chương trình, phương thức đào tạo. Hiện nay, Nhà trường có các bậc đào tạo sau đại học như sau:
1. Đào tạo Thạc sĩ:
Trường Đại học Dược Hà Nội đào tạo 6 chuyên ngành thuộc Chương trình Thạc sĩ, hàng năm tuyển sinh khoảng 110 học viên.
Đối tượng đào tạo là các thí sinh có bằng tốt nghiệp đại học Dược.
Hình thức đào tạo: Tập trung theo tín chỉ với thời gian học là 1,5 năm. Chương trình đào tạo thạc sĩ tương đương 50 tín chỉ, trong đó học viên phải hoàn thành các môn học cũng như bảo vệ thành công luận văn tốt nghiệp.
2. Đào tạo Tiến sĩ:
Hiện nay, Trường đào tạo 7 chuyên ngành thuộc Chương trình Tiến sĩ, hàng năm tuyển khoảng 15 nghiên cứu sinh.
Đối tượng đào tạo là các thí sinh có bằng tốt nghiệp đại học Dược chính quy đạt loại khá trở lên hoặc thí sinh có bằng thạc sĩ Dược học.Hình thức đào tạo: với người đã có bằng thạc sĩ Dược học, phải học tập trung liên tục: 3 năm; Các đối tượng khác: học tập trung liên tục 4 năm.
3. Đào tạo Dược sĩ chuyên khoa cấp I:
Nhà trường đào tạo 6 chuyên ngành, chỉ tiêu tuyển sinh mỗi năm khoảng 120 học viên.
Đối tượng đào tạo là các thí sinh có bằng tốt nghiệp đại học Dược, có thời gian công tác liên tục trong lĩnh vực Y tế ít nhất 12 tháng. Hình thức đào tạo theo tín chỉ. Học viên tập trung học tập theo kế hoạch của nhà trường. Thời gian học tập tương đương 2 năm tập trung và kéo dài từ 3 đến 4 năm.
4. Đào tạo Dược sĩ chuyên khoa cấp II:
Đối tượng đào tạo là các thí sinh có bằng tốt nghiệp Dược sĩ chuyên khoa cấp I, có thâm niên công tác trong chuyên ngành dự thi từ 6 năm trở lên (không kể thời gian học CKI), hoặc thí sinh đã tốt nghiệp thạc sĩ đúng chuyên ngành dự tuyển từ 6 năm trở lên.Hình thức đào tạo: Học viên tập trung học tập theo kế hoạch của nhà trường. Thời gian học tập tương đương 2 năm tập trung và kéo dài không quá 4 năm.
5. Chương trình liên kết đào tạo thạc sĩ khoa học Dược.
Hiện nay, Nhà trường đang triển khai đào tạo chương trình Master gồm 3 chuyên ngành do các Trường Đại học Cộng Hòa Pháp cấp bằng. Đối tượng tuyển sinh là công dân Việt Nam, Lào, Campuchia và Pháp có bằng tốt nghiệp đại học chính qui ngành Dược hoặc đã hoàn thành chương trình Master 1 theo yêu cầu.
Hình thức đào tạo: Tập trung. Thời gian đào tạo: 2 năm (Master 1 và Máter 2).
Chương trình đào tạo gồm 120 tín chỉ Châu Âu (ECTS).
6. Đào tạo liên tục.
Hiện nay, lĩnh vực đào tạo liên tục trong Nhà trường ngày càng được mở rộng, đáp ứng nhu cầu của xã hội. Hàng năm, Trường tổ chức nhiều lớp do các chuyên gia nước ngoài tham gia giảng dạy. Đặc biệt các khóa đào tạo cấp giấy chứng nhận về Dược lâm sàng đã và đang triển khai, đáp ứng nhu cầu cho cả nước về lĩnh vực này.